Προθερμαίνουμε τον φούρνο στους 220°C με αέρα.
Σε μεγάλο μπολ βάζουμε την κολοκύθα και τα κρεμμύδια με 2 κ.σ. ελαιόλαδο, τα φύλλα φασκόμηλου, ¾ κ.γ. αλάτι και μπόλικο πιπέρι. Ανακατεύουμε καλά και τα απλώνουμε στο ταψί με λαδόκολλα. Ψήνουμε για 25–30 λεπτά μέχρι να μαλακώσουν και να ροδίσουν. Αφήνουμε να κρυώσουν 10 λεπτά.
Στο μεταξύ, βράζουμε την κινόα (αν είναι άβραστη): γεμίζουμε κατσαρόλα μέχρι τη μέση με νερό, αφήνουμε να πάρει βράση και προσθέτουμε την κινόα. Σιγοβράζουμε σε μέτρια φωτιά 20 λεπτά μέχρι να μαλακώσει. Σουρώνουμε και αφήνουμε να κρυώσει ελαφρά.
Μεταφέρουμε την κινόα σε μεγάλο μπολ και ανακατεύουμε με το ξύσμα και τον χυμό λεμονιού, το σκόρδο, τα βότανα, την υπόλοιπη 1 κ.σ. ελαιόλαδο και ¼ κ.γ. αλάτι.
Προσθέτουμε την κολοκύθα και το κρεμμύδι στην κινόα και ανακατεύουμε απαλά. Μεταφέρουμε σε ένα μπολ σερβιρίσματος, περιχύνουμε με λάδι και σερβίρουμε.